加強部門協作。主動協調林業主管部門配合，取得苗木種植戶的戶數、核定樹種、面積、數量等第一手資料。將苗木企業的信息登記臺帳，同時加強日常實地巡查管理，以稅戶開票樹種、數量、金額與月申報信息比對，核減備案臺帳底數，享受稅收優惠；稅戶開票稅種、數量等與登記備案內容不符或者超備案底數的開票收入，不能享受免稅政策。

加強發票管理。該局要求申領發票的苗木納稅人，要先到稅源管理部門進行相關資料的審核。納稅人要向稅源管理部門提供苗木銷售合同原件及復印件，苗木生產許可證、經營許可證及苗木運輸檢疫證明、標簽等原件及復印件，以及村委會出具的苗木種植基地、品種、數量等證明。稅源管理部門要根據納稅人提供的資料與所登記的臺帳相關信息進行核對，從而評估納稅人申領發票的額度，并限量、限版發售發票，苗木納稅人憑稅源管理部門出具的《發票領票通知單》到辦稅服務廳領購發票。對于取得免稅資格的苗木納稅人發票開具金額，原則上不得超過納稅人辦證時提供的種植面積、品種、數量核定預估銷售額，否則納入評估對象進行重點評估。苗木納稅人必須按照《中華人民共和國發票管理辦法》及實施細則規定的時間開具發票。