由于土球問題而不是苗木本身原因導致驗收不合格的苗木。土球沒有很大裂縫，有散掉的話，這種苗木在經過再次栽培之后一般可以成活。如果是土球損傷大，但是根系裸露少的，可對苗木實施大強度的修剪并且使用生根粉，以促進它們的生根，在用盤塘法栽植，一般都可以成活。

苗木主干傷損脫皮。在苗木運輸起吊過程中，苗木主干難免會有一些擦傷破皮，這種情況下在傷口涂抹愈合劑即可。對于貴重樹木如雪松等，就可以采用補皮的方法，即將損傷的樹皮輕刮露出新茬組織，把脫落的樹皮輕刮一下露出新的組織和脫皮處貼合到一起，再利用粘性強的黃土將其貼合在一起，樹皮外面用透氣的薄膜裹住必要時用草繩裹緊，一般一個月后即可痊愈，如原有樹皮無法利用，同株樹皮也能使用。

五針松、油松、赤松等貴重苗木在進場時常因裝運過程主枝傷損或偏冠導致驗收不合格，作廢品處理。但后期通過修剪、整形后栽植，可以當成造型樹甚至是盆景來使用創造出更大的價值。

落葉喬木中分支點過低的苗木。可以取不同的高度定干，作為砧木，嫁接其他同科屬品種，如衛矛球、香花槐、金葉復葉槭等，嫁接成功兩年后，即可陸續出圃，成為受市場歡迎的觀賞苗木。分支點較低的植物還能通過修剪整形等方法培育成造型植物，或者可以幾株幾株重新種在一起培育成叢生苗。
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