自1958年，我國著名植物學家吳征鎰先生和動物學家壽振黃先生聯名提出在云南《籌建自然保護區的建議》，西雙版納成為被批準的第一個自然保護區，也是我國第一批被批準建立的自然保護區之一以來，截止2010年底，云南省共建立自然保護區158處，面積295.74萬公頃。其中國家級自然保護區16處，面積143.33萬公頃；省級自然保護區44處，面積82.44萬公頃；州市級自然保護區57處，面積45.59萬公頃；縣級自然保護區41處，面積24.38萬公頃，基本形成了布局較為合理、類型較為齊全的自然保護區網絡體系。全省約57%的熱帶雨林和季雨林、約36%的寒溫性針葉林、約15%的季風常綠闊葉林、約15%的半濕潤常綠闊葉林、16%的中山濕性常綠闊葉林在自然保護區得到保存和保護，全省37個主要高原湖泊有10個被劃為保護區。超過90%的國家重點保護植物、約80%的國家重點保護動物，被列為主要保護對象在自然保護區得到有效保護。 

多年的實踐證明，劃建自然保護區，實施就地保護是保護生物多樣性最有效的手段。自然保護區集中保存了全省最為原始、完整的森林生態系統和最為豐富的生物多樣性，屬生態系統服務高功能區域，成為云南省生態安全屏障的重要基礎，也是促進經濟社會可持續發展的重要保障